二重、三重に課税がなされるパターンは複雑なスキーム下では決して珍しくありません。これは、本来認識されるべきでない益金が認識されているということですから、裏を返せば、本来認識すべきでない損金も認識できてしまうことを意味します。
このような現代の税制上の問題点について考察してみました。個人の見解を多分に含んでおります。
日本における二重課税問題はあまり解決されていない
損金が多重に認識されるパターン
（例）親会社P社が子会社S社に1,000を出資して設立、S社は1,000で土地を取得した。取得した土地に200の含み損が生じた。
さて、S社が土地を売却したらどうなるでしょうか。勿論、200の売却損が計上されます。
そして、同時にP社が保有しているS社株式にも200の含み損が生じます。
次に、P社がS社株式を売却したらどうでしょうか。
勿論、P社に株式の譲渡損200が認識されます。
発生した土地への含み損は200であるのに、合計400の損金が認識されていることが分かります。実は、孫会社、ひ孫会社と作っていけば、三重、四重に損金を作り出すことが可能です。何故、こんなことが生じてしまうのでしょうか。
株式の譲渡損益が持つ性質
（例）親会社P社が子会社S社に1,000を出資して設立、S社は100の税引前利益を計上し、税金を40支払った(税率=40%)。
税引後利益100×(1-0.4)=60が認識されました。
分配可能額が60増加しました。
この60をP社に配当する場合、課税すると二重課税になるため課税すべきでないというのが世界共通認識です。
では、株式譲渡の場合はどうでしょうか。
資産が60増加しているので、理論上1,060で売却できるはずです。
P社には株式の譲渡益60が認識され、課税されてしまうのです。
既に課税された利益を株主に移動させているに過ぎないのは同じなのに、株式譲渡だと何故か二重課税が排除されていないのです。
自己創設のれんが生じた場合
（例）親会社P社が子会社S社に1,000を出資して設立、S社は順調に起業準備をこなし、初年度に1,000の利益を計上し、400の税金を支払うことが確実視されるようになりました。
この時、来年のS社の資産状況は1,600に増加していることが確実な訳ですから、理論上、S社株式は1,600で売却できるはずです（便宜上再来年以降と時間価値は無視します）。自己創設のれんが生じている状況です。
P社が実際にS社株式を譲渡すると600の譲渡益が生じ課税されます。そして、初年度に予定通り1,000の利益が生じたら、さらにS社は400の税金を払わなくてはならないのです。
利益は1,000しか生じていないのに、600+1,000=1,600に対して課税がなされていることが分かります。つまり、P社がS社株式を1,600でしか譲渡できないのは、既に譲渡価格に税金分が織り込まれ、負担しているからだと考えられます。
株式の譲渡損益は課税所得を構成するべきではない
二重課税の放置は裏を返せば損金の多重計上を許容することに
このように考えてみると、株式の譲渡損益が課税所得を構成すること自体が理論的ではないと感じます。
所得を計上したS社において法人税等を支払った時点で、既にP社も実質的に課税されていると言えるのではないでしょうか。このように課税所得として理論上認識すべきでないものを認識している結果、損金の多重計上も可能となってしまうのです。
投資簿価修正の考え方が正しい
グループ通算制度を選択すれば、投資簿価の修正がなされます。投資簿価修正の考え方が理論上、妥当であると感じられます。
具体例として「配当＋株式譲渡」スキームを考えてみる
課税庁も否定できなかった
子会社株式を取得して、子会社の資産を配当として親会社に移管し、子会社を空っぽにします。完全親子会社関係であれば配当は１００％益金不算入ですから課税は生じません。
そして、経済的価値がなくなった子会社を他の法人に無償に近い価格で譲渡し、譲渡損を多額に計上したらどうでしょう。これが認められたら、子会社株式の税務上の減損に厳しい要件を求めている趣旨が没却してしまいそうですが、類似の事案に対し、課税庁も損金性そのものを否定することはしませんでした。
このような損金の創出ができてしまう原因は、所得を構成するべきではない株式の譲渡損失を、所得の計算に算入していることから生じています。しかし、譲渡側に二重課税が生じていることと表と裏の関係にある以上、損金「のみ」を否定することはいくらなんでも無理筋だと考えたのでしょう。
